青井和哉（市来光弘 配音）是一个善良平凡的少年，姐姐青井和叶（能登麻美子 配音）的死却永远的改变了他将来的道路。袭击和叶的，是一种名叫“NOVA”的异次元体，为了替姐姐报仇，和哉进入了培养与异次元体战斗的战士的专门学校——杰尼提克斯学院。
　　在学院中，学员们被分为潘多拉与制御者两种类别，就这样，和哉结识了一群外表柔弱实力却异常强大的女孩子们。其中，被称为最强潘多拉的莎缇莱萨（能登麻美子 配音）最让和哉感到在意，在机缘巧合之下，和哉竟然和她结成了搭档。此外，还有外刚内柔的傲娇娘嘉涅沙（喜多村英梨 配音），神秘的西藏转学生拉娜林沁（花泽香菜 配音）等人。在战斗和学习的过程中，和哉下定决心，一定要揭开姐姐死亡的谜团。

　　某年夏天，6岁小女孩竹川萤来到爷爷家度假，她闯进了传说住满妖怪的山神森林。正当她因为迷路而焦急万分的时候，一个戴着狐狸面具的大男孩出现在她面前，并引领着萤找到回家的路。虽然萤分外感激，可是男孩却禁止她碰触自己的身体，原来这名叫银的男孩并非人类，他一旦被人类碰触就会烟消云散。在此后的日子里，萤和银成为好朋友，他们走遍了森林的每一个角落玩耍。日复一日，年复一年，每到夏天的时候萤就会如约来到森林和好朋友见面。她遵守着和银的约定，无论如何也不碰触银的身体。随着年龄的增长，萤和银对彼此的情感都悄悄发生了变化，他们共同期待相聚的日子，共同期待拥抱对方……
　　本片根据绿川幸的原作改编。

　　2011年9月16日发售的漫画版第14卷限定版附的DVD。描述小阪千寻的轻音乐社团“2B Pencils”成为学校正式社团的小故事。在该时间点还没出场的鼓手五位堂结，则是在ED中以背景的方式登场。原作话数Flag54、55。